万宝瑞说，长期以来，我国农业增长主要依靠资源开发和消耗。我国耕地面积不到世界的十分之一，但氮肥和磷肥用量却分别为世界总用量的３０％和２６％，在单产相近的情况下，氮、磷肥用量分别高出世界平均水平２．０５倍和１．８６倍；农业污染量已占全国总污染量的三分之一至二分之一；这表明，仅靠大规模增加资源消耗来实现农产品生产的增长，成本高，效率低，将难以为继。

　　万宝瑞认为，农业发展由资源依赖型向科技推动型转变，关键在于深化农业科技创新体系改革。目前，我国具有科研能力的大型农业企业很少，农业科研单位应作为科技创新主体，国家在投入上应将其作为创新主体对待。

　　从目前情况看，“重应用研究、轻基础研究”的现象比较普遍。近年来，农业科研突破性成果少、大成果少，大多数是小成果的根本原因是基础性研究不够。缺乏基础性研究，应用性研究就是无源之水。这个问题若不能很好地解决，我国农业科研的发展必将后劲不足。

　　农业科研机构划为非公益性的比例过多，如中国农业科学院３９个研究所，划为公益性的只有１８个，还不到一半，其拥有的科研人员占原科研人员总数的比例仅为２１．４％。

　　万宝瑞认为，提高农业科技创新能力，有关部门应从四个方面加大科研投入。一是科研条件建设经费：包括科研基础设施建设、科研机构基础设施维护、科研仪器设备购置等。二是研发经费：包括重大应用基础研究、重大共性和关键技术研究，以及公益性研究和基础性工作。三是科研机构基本运行费：主要用于科研机构的基本支出和运行保障。四是杰出人才培养引进经费。